Objawy kiły późnej, tj. III okresu, występują najwcześniej w 3 lata od chwili zakażenia; najczęściej występują przed 10 rokiem choroby; mogą jednak pojawić się nawet w kilkanaście i kilkadziesiąt lat od zakażenia. Okres kiły późnej stanowi największe niebezpieczeństwo z punktu widzenia skutków i ciężkich następstw zakażenia kiłowego dla jednostki, natomiast mniejsze znaczenie ma z punktu widzenia epidemiologicznego. Cechą charakterystyczną kiły późnej jest występowanie nielicznych guzów z tendencją do rozpadu i niszczenia tkanek, zmian układowych zajmujących układ nerwowy i układ krążenia oraz zmian w różnych narządach. W kile późnej ulega zmianie odczynowość ustroju. W wykwitach kilowych w tym okresie krętki są bardzo nieliczne, osłabione i bardzo trudno je, wykryć, natomiast odczyn ze strony tkanek jest gwałtowny, głęboki, z tendencją do rozpadu i niszczenia tkanek. Mówimy, że jest to wynik przestrojenia alergicznego ustroju. Zakaźność wykwitów kiły późnej jest niewielka. Zmiany w kile późnej, z chwilą kiedy się pojawią, rozwijają się przewlekle, szerzą się obwodowo i — rzecz znamienna — nie sprawiają bólu ani większych dolegliwości. Ta dysproporcja pomiędzy głębokimi i niszczącymi zmianami a dolegliwościami, jakie mogą sprawiać, jest zjawiskiem charakterystycznym dla kiły III okresu. Następstwa kiły późnej zależą od umiejscowienia zmian stopnia zniszczenia tkanek i ich znaczenia dla życia i czynności ustroju. Jeśli uprzytomnimy sobie, że wykwity kiły późnej pojawić się mogą w każdym narządzie i w każdym miejscu organizmu, stanie się zrozumiałe, jak różnorodne objawy mogą one wywoływać. Jak wiadomo, zmiany charakterystyczne dla kiły późnej występują po rozmaicie długo trwającym okresie utajenia. Jak dochodzi do przejścia okresu utajenia, w którym chory czuje się zdrów i nie wykazuje żadnych uchwytnych zmian, w okres ciężkich zmian rozpadowych prowadzących nieraz do inwalidztwa? Co dzieje się w tym okresie z zarazkiem kiły w organizmie? Sprawa ta nie jest całkowicie wyjaśniona. Wiadomo, że w okresie kiły wczesnej, gdy następuje inwazja krętków, liczne zarazki krążą we krwi i wraz z prądem krwi i limfy mogą dostać się do każdego miejsca ustroju. W tym czasie toczy się walka między drobnoustrojem (krętkiem) a organizmem człowieka. Organizm uruchamia różne mechanizmy obronne, które niszczą krętki. Nie wszystkie mechanizmy są nam znane. Są to mechanizmy nieswoiste — działające w każdym przypadku dostania się obcego ciała czy obcej substancji do organizmu, oraz mechanizmy swoiste — skierowane specjalnie przeciw krętkom. Swoiste mechanizmy odpornościowe polegają przede wszystkim na produkowaniu przeciwciał działających szkodliwie na krętki. Wielu przeciwciał produkowanych przez ustrój dotąd nie znamy, ale przykładem mogą być przeciwciała unieruchamiające krętki (tzw. immobilizyny), wykrywane w odczynie Nelsona. W tym czasie również krętki bronią się i stopniowo przystosowują się do niekorzystnych warunków środowiska. Wiemy, że pod wpływem mechanizmów obronnych ustroju większość krętków ginie — dlatego w miarę trwania zakażenia zmniejsza się liczba krętków krążących we krwi. Część krętków jednakże, która nie ulegnie zniszczeniu, umiejscawia się w którymś z narządów lub tkanek i staje się niewrażliwa na działanie ciał obronnych. Krętki te utrzymują się w organizmie w stanie uśpienia, nie rozmnażają się. Mówimy, że przybierają formy przetrwalnikowe. Wykrycie ich w tym czasie jest niemożliwe, jedynie badania krwi mogą wykazać istnienie swoistych przeciwciał. Nic jest wyjaśnione, czy krętki w tym okresie utrzymują postać krętka, czy też przybierają inną. W tej formie krętki trwać mogą nieokreślony czas, jak już wspomniano, nieraz kilkadziesiąt lat. Odpowiada to okresowi kiły utajonej późnej. Dopiero pod wpływem różnych — na ogół nieznanych — czynników, zależnych od złożonych zjawisk odporności organizmu, krętki ponownie stają się żywotne, zaczynają rozmnażać się w miejscu, w którym tkwiły w stanie utajenia. Wówczas to pojawiają się różnorodne objawy kiły późnej, zależne od umiejscowienia krętków. Reakcja organizmu na to ponowne ożywienie krętków ma wprawdzie charakter miejscowy, ale z powodu przestrojenia organizmu reaguje on głębokim, gwałtownym odczynem, naciekiem z rozpadem tkanki lub ciężkimi zaburzeniami układowymi w układzie nerwowym czy naczyniowosercowym.