Zakażenie rzeżączka następuje przede wszystkim w czasie stosunku płciowego. Wydzielina śluzówki narządów płciowych osoby chorej zawierająca zarazki dostaje się na śluzówkę partnera lub partnerki. Po krótkim — trwającym 24—48 godzin — okresie wylęgania występują u zakażonego osobnika pierwsze objawy w postaci ropnej wydzieliny. U mężczyzn najczęściej zajęta jest przednia część cewki moczowej, u kobiet — cewka moczowa i szyjka macicy. Objawom wycieku ropnego towarzyszy zwykle pieczenie, nieznaczny ból lub kłucie, szczególnie przy oddawaniu moczu. Ten okres choroby nazywamy ostrą rzeżączka i bez leczenia trwa on zwykle kilka tygodni. Stopniowo ostre objawy mijają, lecz zakażenie wędruje dalej i zajmuje wyżej położone odcinki narządu moczopłciowego. Wydzielina staje się mniej obfita, dolegliwości coraz mniejsze lub znikają całkowicie. Po rozmaicie długim okresie czasu wydzielina może zniknąć całkowicie lub pojawiać się tylko okresowo. Jest to okres rzeżączki przewlekłej. Po pewnym, nieokreślonym czasie wystąpić mogą powikłania w postaci stanu zapalnego najądrzy i nasieniowodów u mężczyzn, zaś przydatków macicy (jajników, jajowodów, przymacicza) u kobiet. Dalszy przebieg choroby może doprowadzić do przewlekłych stanów zapalnych, których wysiłkiem jest zarośnięcie nasieniowodówlub jajowodów i — w wyniku — trwała bezpłodność. Zarówno w okresie rzeżączki ostrej, jak i przewlekłej utrzymuje się wysoka zakaźność dla partnerów płciowych. W przypadkach niepomyślnego przebiegu zaniedbanej rzeżączki mogą wystąpić pewne objawy ogólne, w postaci np. rzeżączkowego zapalenia stawów. Powikłania takie dzisiaj spotykane są niezmiernie rzadko dzięki ogromnym postępom w leczeniu rzeżączki. Postacią rzeżączki o ogromnej doniosłości epidemiologicznej, zdarzającą się jednak nieczęsto, jest tzw. rzeżączką utajona. Dotyczy ona prawie wyłącznie kobiet i polega na braku wszelkich objawów klinicznych, ujemnych wynikach badań dodatkowych — przy istnieniu możliwości zakażenia partnerów. W' tych przypadkach chodzi o istniejące utajone ogniska gonokoków, które pod wpływem różnych czynników okresowo ulegają uaktywnieniu. Zakażenie rzeżączką spojówek noworodków w czasie porodu przez zakażoną matkę zdarzające się dawniej dość często, obecnie — dzięki wprowadzeniu obowiązkowych zabiegów zapobiegawczych — należy do wyjątków. Następstwem takich zakażeń było dawniej trwałe uszkodzenie oczu — aż do ślepoty. Tak więc, pomimo względnie łagodnego przebiegu, następstwa rzeżączki mogą być bardzo poważne, co podkreśla jej duże społeczne znaczenie. Do najpoważniejszych następstw rzeżączki należy trwała bezpłodność u kobiet, rzadziej u mężczyzn.