Powikłania rzeżączki wystąpić mogą zarówno w okresie ostrym, jak i przewlekłym. W okresie ostrym rzeżączki powikłania są rzadsze. Zależą one w znacznej mierze nie od samej rzeżączki, lecz od równoczesnego zakażenia bakteriami ropnymi. Najczęstszym takim powikłaniem jest zapalenie żołędzi i napletka, pokrywanie się wydzieliną surowiczoropną zasychającą w cienkie strupy, czasem powstają drobne ubytki nabłonka w postaci sączących nadżerek. W razie nasilania się obrzęku i stanu zapalnego napletka odciągnięcie go może być utrudnione lub niemożliwe. Powstaje wówczas tzw. s t u 1 e j k a. Jeśli obrzęk napletka nasili się przy odsłoniętej żołędzi w stanie odprowadzenia, utrudnić to może nasunięcie napletka. Może wówczas powstać zadzierzgnięcie lub zalupek. Pierścień napletka zaciska się w tych warunkach na rowku zażołędnym. Obrzęk żołędzi i napletka zwiększa się. Stan taki wymaga szybkiego odprowadzenia napletka, nieraz przy użyciu siły, w przeciwnym bowiem razie mogą wystąpić poważniejsze powikłania i długotrwałe utrzymywanie się obrzęku. Częstym powikłaniem jest zajęcie w przebiegu rzeżączki ostrej lub przewlekłej gruczołów śluzowych, zatok i uchyłków cewki oraz innych gruczołów rozmieszczonych w obrębie cewki przedniej. W okresie ostrym powikłanie to może objawić się zwiększeniem wydzieliny ropnej, w stanie przewlekłym natomiast mogą być niedostrzegalne i wykryć je można tylko specjalnym badaniem, np. za pomocą wziernika cewkowego, obmacywaniem cewki na zgłębniku lub badaniem palcem przez odbytnicę. Znaczenie tych powikłań polega na tym, że utrzymują one wysoką zakaźność choroby dla partnerki przy nikłych nieraz objawach klinicznych i braku dolegliwości. Umiejscowienie zakażenia w gruczołach przycewkowych lub okołocewkowych jest częstą przyczyną nawrotów rzeżączki. Czasem w wyniku większych nacieków może wytworzyć się ropień okołocewkowy. Ropień taki może przebić się do cewki moczowej lub na zewnątrz, wytwarzając trudno gojące się przetoki. Częstym i poważniejszym powikłaniem rzeżączki cewki tylnej jest zapalenie gruczołu krokowego o przebiegu ostrym lub przewlekłym. Ostre rzeżączkowe zapalenie gruczołu krokowego może występować w postaci nieżytowej — przy braku wyraźnych objawów i dolegliwości. Stwierdzenie tego powikłania rzeżączki jest możliwe tylko na podstawie mikroskopowego badania wydzieliny po masażu gruczołu krokowego. W postaci miąższowej występują silne bóle w okolicy krocza, szczególnie w czasie oddawania stolca lub moczu. Ostre zapalenie po ok. 2 tygodniach przechodzi w stan przewlekły. Przewlekłe zapalenie gruczołu krokowego towarzyszy zwykle przewlekłemu zapaleniu tylnej cewki moczowej. Przebiegać ono może z nieznacznymi objawami, niekiedy jednak utrzymują się dotkliwe bóle okolicy krocza i trudności w oddawaniu moczu. Badanie przez kiszkę stolcową w celu ustalenia rozpoznania jest nieraz bardzo bolesne. Wykrycie zapalenia rzeżączkowego gruczołu krokowego ma duże znaczenie, gdyż utrzymywanie się takiego ogniska może być przyczyną okresowych nawrotów rzeżączki. Rzeżączkowemu zapaleniu gruczołu krokowego często towarzyszy zapalenie pęcherzyków nasiennych. Występują wówczas bóle w dolnej części brzucha i krocza, wycieki nasienia z domieszką krwi oraz bóle przy wytrysku nasienia. Nierzadko spotykanym powikłaniem rzeżączki cewki moczowej jest rzeżączkowe zapalenie najądrza. Gonokoki z cewki dostają się przez nasieniowody do najądrzy, wywołując objawy dość gwałtowne. Występuje podw. temperatura ciała i bóle w okolicy najądrza — przeważnie po jednej stronie — które często określane są błędnie jako bóle jąder. Przy badaniu stwierdzamy stwardnienie i bolesność najądrzy, przy czym jądra są prawie zawsze niezajęte. Znamienne jest, że wraz z wystąpieniem zapalenia najądrza zmniejsza się lub znika wyciek z cewki moczowej. Zmiany takie utrzymują się około 2 tygodni, po czym przechodzą w stan przewlekły. Rzadkie zajęcie obustronne najądrzy może doprowadzić do trwałej bezpłodności. Rzeżączkowe zapalenie wyższych odcinków narządu moczopłciowego, jak pęcherza moczowego, moczowodów i miedniczek nerkowych, zdarza się tylko wyjątkowo.