Rzeżączką u kobiet przebiega nieco inaczej niż u mężczyzn, co zależy od różnic w anatomicznej budowie narządów płciowych. Objawy rzeżączki u kobiet mogą być bardzo nikłe, co stwarza niebezpieczeństwo ich przeoczenia. Nierzadko zdarza się u kobiet przebieg utajony rzeżączki, bez żadnych objawów klinicznych, z okresowymi nawrotami. Choroba przebiega u kobiet również w postaci ostrej i przewlekłej, jednak postać ostra nie daje nigdy tak wyraźnych objawów oraz dolegliwości jak u mężczyzn i dlatego znacznie częściej — przeoczona — przechodzi w postać przewlekłą. W bardzo licznych przypadkach rzeżączkę u kobiet rozpoznaje się dopiero po wykryciu choroby u partnera płciowego. Ta charakterystyczna cecha przebiegu rzeżączki u kobiet stwarza dla nich znacznie większe niebezpieczeństwa. W wyniku powikłań przewlekłej rzeżączki powstają zmiany w narządach rozrodczych, po ustąpieniu których pozostaje trwała bezpłodność. Rzeżączka atakuje u kobiet cewkę moczową, szyjkę macicy, gruczoły Bartholiniego, macicę, przydatki macicy (jajniki, jajowody) oraz odbytnicę. Zajęcie macicy, przydatków i odbytnicy stanowi już powikłanie rzeżączki, które u kobiet jest stosunkowo częste. Znamienne jest, że u kobiet, ze względu na specjalne warunki biologiczne, srom i pochwa nie są zajęte w przebiegu rzeżączki. Istniejąca tara flora bakteryjna, produkująca kwas mlekowy i dająca kwaśny odczyn, uniemożliwia rozwój i rozmnażanie gonokoków. Inaczej przedstawia się sprawa u małych dziewczynek (patrz rozdział pt. „Rzeżączka 'małych deiewczynek"). Rzeżączka cewki moczowej ma przebieg typowy. W okresie ostrym ujście cewki jest zmienione zapalnie, zaczerwienione, z ujścia wydziela się duża ilość ropy. Kobiety odczuwają częstsze, czasem bolesne parcie na mocz oraz ból i pieczenie przy oddawaniu moczu. Po przejściu zapalenia cewki w stan przewlekły, po 1—3 tygodniach objawy cofają się lub stają się bardzo łagodne. Wydzielina z cewki ma charakter śluzowy, pieczenie przy oddawaniu moczu jest nieznaczne. W tym czasie nie jest możliwe rozpoznanie rzeżączki na podstawie objawów klinicznych i jedynie badanie wydzieliny, nieraz kilkakrotnie powtarzane, może wykryć zarazki rzeżączki. Gonokoki można wykryć nie tylko w cewce, ale również w licznych gruczołach i uchyłkach błony śluzowej cewki. Nawet po ustąpieniu zapalenia cewki gonokoki mogą utrzymywać się w tych gruczołach i uchyłkach, co stanowi później przyczynę nawrotów i zaostrzeń choroby. Czasami powstają ropnie wskutek zaczopowania ujść gruczołów przycewkowych. Zajęcie gruczołów Bartholiniego znajdujących się w przedsionku pochwy zdarza się niejednokrotnie nawet w okresie ostrym rzeżączki i nie zaliczamy go jeszcze do powikłań. I tutaj często, wskutek zatkania ropą ujścia przewodu gruczołu, tworzy się ropień, któremu nierzadko towarzyszą objawy ogólne, jak gorączka i silna bolesność. W okresie przewlekłym gruczoły Bartholiniego nie sprawiają dolegliwości, uwidaczniają się jako twardo guzki w okolicy przedsionka pochwy, a po uciśnięciu ich wydziela się śluzoworopna wydzielina, w której stwierdzić można liczne zarazki rzeżączki. Zapalenie rzeżączkowe szyjki macicy w przebiegu rzeżączki u kobiet występuje prawie zawsze wraz z zapaleniem cewki. Ujście szyjki jest zaczerwienione, obrzękłe, z dużą nieraz wydzieliną śluzoworopnn lub ropną. Niekiedy wytwarzają się nadżerki. Zmianom: tym nie towarzyszą żadne objawy ogólne ani dolegliwości. W okresie przewlekłym objawy są jeszcze mniej wyraźne, ustępuje stan zapalny i jedynie wzmożona wydzielina z szyjki świadczy o istnieniu procesu chorobowego. W wydzielinie tej często można wykryć gonokoki tylko po wykonaniu posiewu bakteriologicznego. Znacznie łatwiej jest wykryć zarazki bezpośrednio po miesiączce, która stanowi jakby biologiczną prowokację.