Znamiona lub stygmaty kiły nie są objawami czynnej kiły wrodzonej, ale charakterystycznymi śladami uprzednio istniejącej kiły płodowej lub wrodzonej wczesnej. Najczęściej znamiona dotyczą układu kostnego. W zakresie kości czaszki występują zniekształcenia wskutek ustąpienia zmian okostnych we wczesnej kile, jak czoło olimpijskie, głowa kwadratowa, czaszka wieżowa. Kości nosa ulegają zniekształceniu albo wskutek zaburzeń rozwojowych w życiu płodowym, albo kiłowych zmian wc wczesnej kile, tworząc tzw. nos siodełkowaty, czasem nos lornetko w a t y. Podniebienie może być wysokie, tzw. gotyckie. Na podudziach wytworzyć się mogą uwarstwienia kostne, przybierając postać tzw. podudzi szablastych. Podobne nawarstwienia wytworzyć się mogą na obojczyku. Na mostku brakować może tzw. wyrostka mieczykowatego. Bardzo charakterystyczne są znamiona zębowe w zakresie zębów stałych, powstałe wskutek uszkodzenia przez krętki zawiązków zębowych w życiu płodowym. Górne siekacze zębowe mają kształt beczułek z wrębami na części siecznej (tzw. zęby Hutchinsona). W zakresie zębów trzonowych może wystąpić zanik guzków, spłaszczenie. Do zaburzeń rozwojowych należą zbyt małe zęby, czasem zbyt duże lub ich nieprawidłowe ustawienie. W otoczeniu jamy ustnej występują bardzo typowe dla kiły znamiona skórne. Są to blizny rozchodzące się promieniście od kącika ust, tzw. blizny Parrota. Obok wymienionych wyżej znamion, które są pozostałością zmian czynnych wczesnych, występują w kile wrodzonej czynne zmiany późne, o których już wspominano. Najcharakterystyczniejsze z nich są zmiany w narządach wzroku i słuchu. Zapalenie miąższowe rogówki występuje prawie wyłącznie w kile wrodzonej. Polega ono na przewlekłym stanie zapalnym, zarastaniu naczyń i zmętnieniu rogówki. W rezultacie może wystąpić znaczne pogorszenie wzroku, aż do ślepoty. Proces ten może się pojawić w okresie od 5 do 40 roku życia, nieraz u osobników, którzy nigdy nie wykazywali żadnych objawów kiły. Odczyny serologiczne są zawsze wybitnie dodatnie. Ciekawe jest, że w zmianach tych nigdy nie wykazano obecności krętków i uważa się, że jest to tylko szczególny odczyn alergiczny w przebiegu kiły wrodzonej. Wygojone zmiany po zapaleniu miąższowym rogówki należą do znamion kiły wrodzonej. Zmiany narządu słuchu polegają na zapaleniu ucha wewnętrznego, prowadząc nieraz do głuchoty, a jeśli wystąpią w niemowlęctwie — do głuchoniemoty. Zmiany oczne, słuchowe i zębowe często występują w zespole i noszą nazwę trójcy Hutchinsona.